Название города образовано как производное от названия реки Протвы. Датой основания считается 19 апреля 1960 года[7], когда было начато строительство протонного ускорителя «У-70» (этот научный комплекс до 1972 года являлся крупнейшим в мире). Первоначально новый населённый пункт получил название по почтовому индексу — Серпухов-7 и являлся секретным объектом (не обозначенным на географических картах и дорожных указателях), доступ в который был возможен только по специальному пропуску. 22 января 1965 года населённому пункту был присвоен статус рабочего посёлка (посёлка городского типа) и официальное наименование: Протвино[8]. В 1963 году для проведения исследований в области физики элементарных частиц был организован Институт физики высоких энергий (ИФВЭ) во главе с физиком- теоретиком А. А. Логуновым. Этот институт сегодня является одним из крупнейших физических научных центров России, а в Протвино служит градообразующим предприятием.[источник не указан 190 дней] 15 ноября 1989 году посёлок городского типа Протвино был преобразован в город областного подчинения[7]. XXI век 18 августа 2008 года постановлением Правительства РФ № 624 городу Протвино присвоен статус наукограда Российской Федерации.